Untuk mengimplementasikan mandat dari ICJR sebagaimana terdapat dalam Anggaran Dasar, maka sejak 2007 ICJR telah mengembangkan berbagai program untuk mengimplementasikan visi dan misinya terutama untuk mendukung reformasi sistem peradilan pidana dan juga reformasi hukum pidana di Indonesia agar seluruh bangunan sistem tersebut berorientasi pada pemenuhan hak asasi manusia. Untuk itu program ICJR didedikasikan untuk memenuhi tiga kerangka besar dari mandat ICJR yaitu: Riset Advokasi, Pelatihan Hak Asasi Manusia, dan Dukungan Litigasi