Setelah MK selesai menyidangkan sengketa Pilpres, saat ini isu yang tengah disorot adalah kehadiran UU MD3. Salah satu dari kontroversi UU MD3 adalah UU ini ditengarai dibuat untuk menghambat proses peradilan pidana dan penegakan hukum terhadap anggota dewan.
Untuk alasan tersebut, maka Supriyadi W. Eddyono, yang juga merupakan Direktur Eksekutif Institute for Criminal Justice Reform (ICJR), sebagai Pemohon perorangan dan ICJR sendiri sebagai pemohon Badan Hukum Privat yang diwakili oleh Anggara Suwahju dan Wahyu Wagiman sebagai Ketua dan Sekretaris Badan Pengurus, mengajukan permohonan Pengujian UU MD3 terhadap UUD 1945 di MK.
Supriyadi menyebutkan bahwa kehadiran Pasal 245 UU MD3 telah merugikan dirinya dan ICJR sebagai lembaga yang konsern pada isu hukum, khususnya hukum pidana. Lebih lagi, sebagai pembayar pajak (tax payer), menurut Supriyadi, kehadiran pasal 245 UU MD3 telah mengintervensi dan menghambat proses penegakan hukum, sehingga secara langsung membebani pembiayaan yang bersumber dari APBN, yang juga berasal dari pajak yang dibayarkannya. Lebih jauh, UU MD3 juga melanggar hak konstitusinya sebagai warga negara Indonesia karena bersifat diskriminatif.
Selain itu Supriyadi sebagai advokat dan pengacara HAM juga melakukan pendampingan dan bantuan hukum bagi kliennya yang berposisi sebagai korban tindak pidana, dalam hal ini terkait dengan sistem dan prosedur peradilan pidana khususnya dalam prosedur penyidikan dan penuntutan tindak pidana. Bahwa dengan adanya ketentuan pasal 245 UU MD3 berpotensi berakibat pada terhambatnya kerja-kerja pemohon dalam melakukan advokasi, pendampingan dan bantuan hukum bagi kliennya yang berposisi sebagai korban tindak pidana untuk mendapatkan prosedur keadilan dengan cepat. Dengan adanya Pasal tersebut maka potensi advokasi, pendampingan dan bantuan hukum yang dilakukan oleh Supriyadi akan terhambat dan merugikan pembelaan dirinya sebagai advokat, dengan ini maka hak konstitusional Supriyadi terutama terkait dengan prinsip Negara Hukum dan Kekuasaan kehakiman yang merdeka (Independent of judiciary), prinsip kepastian hukum dan persamaan di depan hukum. Oleh karena itulah eksistensi pasal a quo nyata-nyata atau setidak-tidaknya potensial telah merugikan hak-hak konstitusional Supriyadi.
Setidaknya dalam permohonan ada tiga alasan utama mengapa Pasal 245 UU MD3 dianggap bertentangan dengan UUD 1945 :
Pertama, Pasal 245 UU MD3 bertentangan dengan prinsip Kekuasaan kehakiman yang merdeka (Independent of judiciary). Pasal 245 UU MD3 telah bertentangan dengan Pasal 1 ayat (3) UUD 1945 dan Pasal 24 ayat (1) UUD 1945. Ketentuan mengenai Pasal 245 UU MD3 dapat diklasifikasikan sebagai bentuk pembatasan dan intervensi yang dilakukan oleh lembaga diluar sistem peradilan pidana yaitu Mahkamah Kehormatan Dewan DPR RI dan berpotensi menimbukan gangguan secara langsung atau tidak langsung terhadap kemerdekaan aparat penegak hukum dalam upaya penegakan hukum. Pasal 245 UU MD3 dianggap bertentangan dengan prinsip negara hukum dan kekuasaan kehakiman yang merdeka, proses peradilan dan penegakan hukum harus independen dan bebas dari intervensi yang bisa mengganggu proses penegakan hukum.
Kedua, Pasal 245 UU MD3 bertentangan dengan prinsip persamaan dihadapan Hukum. Pasal 245 UU MD3 dianggap bertentangan dengan Pasal 27 ayat (1) dan Pasal 28D ayat (1) UUD 1945 yang menjamin persamaan dimuka hukum. Anggota DPR sebagai subjek hukum, terlepas jabatannya sebagai anggota DPR harus diberlakukan sama dihadapan hukum. ICJR menggap bahwa ketentuan dalam Pasal 245 UU MD3 telah memberikan keistimewaan terhadap anggota DPR yang sedang menjalani proses hukum tanpa rasionalitas hukum yang tepat.
Pada dasarnya memang diperlukan adanya perlakuan menjaga harkat dan martabat pejabat negara agar tidak diperlakukan secara sembrono dan sewenang-wenang. Namun perlakuan demikian tidak boleh bertentangan dengan prinsip-prinsip negara hukum dan asas-asas peradilan pidana, apalagi sampai berakibat pada terhambatnya proses hukum.
Ketiga, Pasal 245 UU MD3 bertentangan dengan prinsip non diskriminasi sebagaimana Pasal 27 ayat (1) UUD 1945. Pasal 245 UU MD3 hanya diterapkan untuk anggota DPR, sehingga terdapat perlakukan yang berbeda untuk Warga Negara Indonesia (WNI) yang berhadapan dengan proses hukum. Di mana pihak penyidik harus memperoleh ijin tertulis dari Mahkamah Kehormatan Dewan sebelum melakukan penyidikan yang diduga dilakukan oleh anggota DPR. Perlakuan berbeda tersebut tidak diberlakukan untuk WNI Iainnya, pihak penyidik dapat secara langsung melakukan penyidikan. Apabila sudah masuk proses hukum, pembedaan sperti ini telah mengakibatkan diskriminasi atas dasar status jabatan publik, dan bertentangan dengan prinsip non diskriminasi.
Persidangan akan dilakukan pada Rabu, 10 September 2014 pada pukul 13.30